实际操作流程并不复杂，大多数设备都做了简化设计。医务人员只需按照软件提示完成校准、输入基本信息、指导受检者完成呼吸动作即可。国产品牌如的 KPF1000 系列 就采用步骤式界面，测试波形和结果都会自动显示。
受检者需要配合完成深吸气、深呼气等动作，因此医护人员的指导会影响最终结果，但整体流程很快，一般几分钟即可完成一次测试。对于体检中心来说，这种高效率操作相当适合批量筛查。
现代肺功能仪还支持视频动画引导(尤其适用于儿童)、自动保存历史记录、结果快速打印，使得检测效率进一步提升，减少人工操作环节。
